El planeta se enfrenta a una gran amenaza. Coincidiendo con la peor sequía que hemos vivido, un grupo de malhechores está terminando con todas las reservas de agua que quedan en la tierra.
Los mejores agentes secretos del mundo se reúnen urgentemente, pero ni siquiera cuentan con una pista. Para acabar de empeorar las cosas, el malvado Botijola (Carlos Santos) planea atentar contra esa reunión, para acabar así con todos los agentes. Su intención no es otra que convertir la bebida que lleva su nombre en el sustituto del agua. Para ello, intentará también secuestrar al alocado Profesor Bacterio (Janfri Topera) y conseguir que trabaje para él.
Sin embargo, hay dos cosas con las que Botijola no contaba. Por un lado, que Bacterio, antes de ser secuestrado, escondió las piezas de su invento en distintos momentos históricos, utilizando la máquina del tiempo. Por otro, que hay dos de los agentes internacionales que no acudieron a la reunión saboteada, dos agentes que van a convertirse en la única esperanza del mundo: Mortadelo (Eduard Soto) y Filemón (Pepe Viyuela) que, tendrán que dejar de lado sus anteriores disputas para volver de nuevo a la acción.
Gracias a sus continuos viajes en el tiempo y a la inestimable ayuda de Ofelia (Berta Ojea), los dos agentes conseguirán solucionar sus diferencias y salvar al mundo... Más o menos... porque ya se sabe que éstos tipos...